I 2007 indgav advokatfirmaet Covingtoh & Burling LLP, der repræsenterer syv spanske investorers - Yukos-aktionærers interesser, en retssag mod Rusland ved Stockholm International Arbitration Court. Sagsøgerne krævede erstatning fra den russiske regering, idet de henviste til det faktum, at de som følge af handlinger fra staten og retslige myndigheder i Den Russiske Føderation led økonomiske tab. Og i henhold til den russisk-spanske aftale om gensidig beskyttelse af investeringer er tab, der opstår af investorer som følge af ulovlige handlinger fra staten, erstatning.
Kernen i retssagen var, at den russiske side bevidst konkursiserede YUKOS, hvilket forårsagede økonomisk skade for selskabets aktionærer. De autoriserede personer fra Rusland, der optrådte i Stockholm-voldgiften som en sagsøgt, anerkendte ikke kravet, fordi Yukos-ledelsen efter deres mening i lang tid undgik at betale skat i særlig stor skala og begik andre overtrædelser af lovene af Den Russiske Føderation. Dette var netop det, der forårsagede straffesagerne mod YUKOS-ledelsen såvel som dens konkurs.
Stockholms voldgiftsret stod imidlertid bag sagsøgerne og besluttede, at Rusland skulle betale dem 2,7 millioner dollars i erstatning for de tab, der blev påført. Mængden af tab blev beregnet ud fra størrelsen af YUKOSs kapitalisering på tidspunktet for konkursen. Voldgiftsdomstolens afgørelse understregede, at skattekravene kun var et påskud for beslaglæggelse af Yukos-aktiver, og det egentlige formål med den strafferetlige forfølgelse af virksomhedens ledelse var ønsket om ikke lovligt at opkræve skat, men at ekspropriere virksomheden. Retten kom således til den konklusion, at den russiske side bevidst konkursiserede YUKOS, så de statsejede virksomheder Rosneft og Gazprom ville modtage størstedelen af dets aktiver. Det skal påpeges, at dette allerede er den anden afgørelse truffet af Stockholm voldgiftsdomstol, som ikke var til fordel for Rusland baseret på Yukos-aktionærers krav.
Hvorfor mister Rusland sådanne krav i den internationale voldgiftsret? Man kan naturligvis henvise til en massiv propagandakampagne, som et resultat af hvilken den tidligere leder af Yukos, M. Khodorkovsky, optrådte i den vestlige offentlige opinion som en oppositionsspiller, der led for sin politiske og demokratiske overbevisning. Man kan pege på en meget uvenlig holdning fra Sveriges herskende kredse til Rusland. Ikke desto mindre er faktum stadig: i Vesten mener de, at de russiske myndigheder i Yukos-affæren krænkede ejendomsretten. Og selve begrebet "ejendom" er helligt der.
En lignende beslutning blev truffet af Strasbourg Court of Human Rights, som, selv om den indrømmede, at forfølgelsen af Yukos og dens ledelse ikke var politisk motiveret, alligevel også pegede på krænkelse af ejendomsrettigheder i omfordelingen af virksomhedens aktiver.
